O Consórcio Intermunicipal Lagos São João foi criado em 1999 com a missão de promover políticas públicas de forma compartilhada entre o Governo do Estado e os 13 municípios consorciados.

Uma das principais missões foi a de promover ações para a recuperação da Lagoa de Araruama, que, na época, se encontrava intensamente contaminada.

Após 20 anos de atuação, os índices mostram que as políticas implementadas foram essenciais para a recuperação do ecossistema.

A atuação do Consórcio compreende a Região dos Lagos e partes da Baixada Litorânea e da Região Serrana.

Em sua abrangência estão as bacias hidrográficas do Rio São João, do Rio Una, da Lagoa de Araruama e da Lagoa de Saquarema, que compõem a Região Hidrográfica Lagos São João (RH VI do Estado do Rio), assim como as bacias hidrográficas do Rio Macaé, do Rio das Ostras e da Lagoa de Imboassica, que compõem a Região Hidrográfica dos rios Macaé e das Ostras (RH VIII do Estado do Rio).

Araruama, Armação dos Búzios, Arraial do Cabo, Cabo Frio, Cachoeiras de Macacu,
Casimiro de Abreu, Iguaba Grande, Maricá, Rio Bonito, Rio das Ostras, São Pedro da
Aldeia, Saquarema e Silva Jardim.