O Consórcio Intermunicipal Lagos São João foi criado em 1999 com a missão de promover políticas públicas de forma compartilhada entre o Governo do Estado e os 13 municípios consorciados.

Uma das principais missões foi a de promover ações para a recuperação da Lagoa de Araruama, que, na época, se encontrava intensamente contaminada.

Após 20 anos de atuação, os índices mostram que as políticas implementadas foram essenciais para a recuperação do ecossistema.

Além disso, desde 2012, o Consórcio atua como parte do Sistema Estadual de Gestão dos Recursos Hídricos, no papel de Entidade Delegatária, com funções de agência de água, atendendo ao Comitê de Bacia Hidrográfica Lagos São João e ao Comitê de Bacia Hidrográfica dos Rios Macaé e das Ostras.

Desta forma, a atuação do Consórcio compreende a Região dos Lagos e partes da Baixada Litorânea e da Região Serrana.

Em sua abrangência estão as bacias hidrográficas do Rio São João, do Rio Una, da Lagoa de Araruama e da Lagoa de Saquarema, que compõem a Região Hidrográfica Lagos São João (RH VI do Estado do Rio), assim como as bacias hidrográficas do Rio Macaé, do Rio das Ostras e da Lagoa de Imboassica, que compõem a Região Hidrográfica dos rios Macaé e das Ostras (RH VIII do Estado do Rio).

Entre as atuações do Consórcio estão:

• Secretaria executiva de Comitês de Bacia Hidrográfica
• Apoio técnico às prefeituras para gestão ambiental municipal;
• Apoio a implementação das Políticas de Recursos Hídricos;
• Representação regional na Agência Reguladora de Energia e Saneamento;
• Apoio à gestão das unidades de conservação inseridas em sua área de atuação;
• Articulação institucional para o desassoreamento de canais e lagoas costeiras;
• Fomento a estudos e projetos técnicos científicos;
• Apoio aos Planos Municipais de Saneamento Básico;
• Apoio aos Planos Municipais de Conservação e Recuperação da Mata Atlântica;
• Monitoramento da Qualidade da Água em sua área de atuação.